Avløp er betegnelse for kloakk fra husholdninger og næringsliv og oppsamlet regnvann. For Molde sentrumsområde går kloakken gjennom renseanleggene på Cap Clara og på Nøisomhed. På Hjelset er det også et større avløpsrenseanlegg. Foruten disse anleggene har kommunen 9 mindre anlegg der avløpet blir renset i store slamavskillere. Avdelingen forvalter, drifter og vedlikeholder et rørledningsnett på 600 kilometer.